1865年3月25日，吴稚晖出生于江苏武进，原名吴敬恒。1891年(26岁)，考中举人。1898年(33岁)，到南洋公学任教。1903年，在《苏报》撰文清廷，痛骂当时执政的慈禧太后是“淫妇”。
1903年初，全国普遍爆发的，《苏报》聘章士钊为主笔，章太炎、蔡元培等撰稿人，发表邹容《军》和章太炎的《驳康有为论书》，成为国内反清的重要阵地。清要求关闭《苏报》，从而引发苏报案。当时有人以为吴稚晖是者。
1904年5月21日，经过会审轻判，邹容二年，章太炎三年。“苏报案”是中国近代新闻史上第一个因言论罪被告上法庭的报案。也开了近代派报刊为而无所、放言激烈的办报风气。《苏报》案发后，吴稚晖经去伦敦。
1905年冬，参加同盟会。1906年，在巴黎参与组织世界社，1907年刊行《新世纪》周刊及《世界画刊》，鼓吹无主义。
1911年(46岁)，辛亥后，多从事文化运动。1913年，任教育部读音统一会，提倡国语注音与。他积极推行的“注音符号”，今天仍在和华侨间通行。
1913年(48岁)，参与孙中山发起的反袁世凯的二次，失败后再赴欧洲。在这段时间，吴稚晖创办了里昂中法大学，并发起留法勤工俭动，呼吁中国青年以半工半读方式留学，如、等都因此得以出国留学。
1924年(59岁)，吴稚晖等人在上海创办中华粥会。至今中华粥会仍在运作，每月吃粥，以纪念吴稚晖。1925年，孙中山去世，吴稚晖内部极派之一。
1927年，任中国中央监察委员，极力支持蒋介石“清党”，成为蒋介石的御用心腹智囊。在长达20多年的国共斗争中，吴稚晖一直扮演着积极的角色。
1943年(78岁)，国民林森病逝，蒋介石力邀吴稚晖担任国家。吴稚晖推辞说:“我平常的衣服穿得很随便很简单，做元首要穿燕尾服、打领结领带，我觉得不自在;我脸长得很丑，不像一个大人物的模样;我这个人爱笑，看到什么会不自主地笑起来，哪天外国使节来递国书，会不由得笑起来，不雅。”
1946年，国民宣布结束训政阶段，在南京召开的制宪，确立了《中华》，吴稚晖担任制宪代表。吴稚晖亲手将《中华》递交给蒋介石，这张照片被载入历史教科书。因此，很多人对他的印象是“制宪大老”。
1953年10月30日，吴稚晖病逝台北，享年89岁。蒋介石题词“痛失师表”。12月1日，按照遗嘱，蒋经国将他的遗骨用渔船运到金门，“葬于厦门南面海底”。
1954年，高达四米的吴稚晖铜像树立在台北，成为当时台北市地标之一。直到90年代，该铜像才被拆除移走。