4月12日，中央召开会议，通过了《关于征求对蒋、日、伪战犯和其他罪犯的处理意见的通知》，通知说：“我们正在对蒋介石集团进进攻势，争取和平解放，并且宣布只要他们回到祖国来，不管什么人，将一律不咎既往，在这种情形下，如果对已经俘获的战犯，反倒一批。实际上不但没有什么好处，并且会有助于美蒋巩固集团，至少是害多利少的。看来从宽处理，可能对国家、对人民比较有利。”通知要求各地召集当地政协常委扩大会，或者其他适当范围的座谈会征求意见，并且请中央各部委、军委各部和其他、人民团体对此进行讨论。会后把座谈的情况报告中央，以便作最后决定。
经过充分酝酿和讨论，对战犯实行分批这个方针终于确定下来。但具体选择在什么时候比较合适，考虑到当时不少人的接受程度，中央认为“还需要时间，需要分析，需要分别处理。”在5月2日召开的最高国务会议上说：如果在目前马上，时机还不够成熟。理由是：“放早了，老百姓不那么清楚，我们也不好向老百姓说明，还要过几年，老百姓的生活更加过得好了，我们再来放。”“不讲楚这个道理，一下子把他们放掉了，人家就不了解，同时也没有必要。”
1957年1月29日，向中央提出处理病残战犯意见。在这份报告上批示：“不但这些人应当处理，其他战犯凡犯罪较轻表现较好都应考虑判决。”他请门“将战犯全体审查一下定出一个处理方案”由于不久即发生的反斗争，使战犯工作的进程受到影响。
但是，有关部门对战犯的工作却一直没有停顿。那时，关押在各地的国内战犯共有926名，属于军队系统的有736名，其中，中将级军官有72名；少将级军官323名；相当于少将级的军官65名；校级军官276名，属于系统的有46名。为加强对战犯统一管理和工作，1956年初，中央决定实行全国战犯大集中，其中有影响的二百多名高级将领作为重点被集中到功德林战犯管理所。在这里，他们每天除了学习和讨论党的政策，还要参加一些劳动。此外，管理所还组织他们在和外地参观，了解新中国的建设成就。这些措施，对转变战犯的思想有重要意义。瘳耀湘在参观后说：“我虽是一个旧社会遗留下来的，但我是一个中国人，对这种复兴祖国的伟大的神圣事业，不能不虔诚的热烈”；溥仪在参观农业生产合作社时流着泪向社员群众谢罪；王陵基原来把自己比作“泡了几十年的蒜头，骨头都泡黄了”，很难，这时也表示向人民；伪蒙战犯德木楚克栋鲁普一向态度不好，参观后也有转变，承认自己是蒙古族的罪人。
1959年国庆前夕，中央决定第一批战犯。这个是由在8月24日致的信中提出的：“今年国庆十年纪念，是否可以赦免一批（不是而是古时所谓曲赦，即局部的赦免）确实改恶从善的战犯及一般正在服刑的刑事罪犯。此事是否可行，亦请召集有关同志商议一下。”的意见得到认同后，9月14日，他又代表中央向常委会提出；在建国十周年的时候，“对于一批确实已经改恶从善的战争罪犯。罪犯和普通刑事罪犯，宣布实行是适宜的，采取这个措施，将更有利于化消极困素为积极因素，对于这些罪犯和其他罪犯的继续，都有重大的教育作用，”为什么这时做这件事呢？9月15日，在召集的各党派负责人会议上回答说，现在“人民群众站起来了，有神气了，不怕他们了。”因为，“这不仅是他们的问题，还要人民能接受。现在是改好了的人就赦，是，不是。”9月17日，全国常委会二届九次会议讨论并同意了中央提出的。同日，国家颁布了令。
根据中央的，战犯管理机关对的战争罪犯进行了全面的严格的审查。最后，经过最高批准，决定首批战犯33名，其中包括杜聿明。宋希濂、王耀武、杨伯涛等将领，末代溥仪，还有伪蒙疆自治的战犯。12月4日，最高宣布首批名单，并在、。济南、西安等地隆重召开大会。功德林战犯管理所的10名将领中，多数被分配到郊区和各地参加农业劳动，一部分在农场就业。
首批战犯后，人民继续对关押的战犯进行改恶从善的和教育，争取他们继续向好的方面。
根据中央关于每年一批战犯的，1960年10月17日，党组向中央写报告，提出了49人的和减刑战犯名单，后经又增加李仙洲，共计50名。报告认为“掌握这样分批的一种比例是适当的，既有利于目前的斗争，也适应今后每年都放一点的需要。”这个报告阅后批示：“此件送少奇、富春同志阅看，在处通过照办。”11月19日，二届第三十二次会议通过第二批战争罪犯的决定。同日，发布令。28日，最高批准第二批战争罪犯50名。
从这以后到“”之前，战犯的工作，一直在中央直接指导下有步骤地进行着。具体情况是：1961年12月25日第三批战犯68名；1963年4月9日第四批战犯35名；1964年12月28日第五批战犯53名；1966年4月16日第六批战犯57名。
重新提出这个问题已经到了1974年年末。这时，中美关系已有了进一步发展，和平解决问题已提到更重要的地位上。